一般来说,卡氏肺囊虫肺炎是可以治愈的。必须注意免疫抑制者与患者的隔离,防止交叉感染。对高危人群应密切注意观察。对有发生卡氏孢子虫危险的病人,应用药物预防,可有效地防止潜在感染转变为临床疾病和治疗后复发。
针对病原治疗,以前常用戊烷脒肌注10~14天。亦可气雾吸入,早期应用此药,至少60%患儿可以治愈,但约半数患儿可出现较重的不良副作用。如局部发生无菌性脓肿、皮疹、低血压、恶心、呕吐、眩晕、低血糖、低血钙、巨幼红细胞性贫血、血小板减少、中性粒细胞减少及肝肾功能损害等;
正确选用抗菌药物是治疗的关键, 对于轻症,可选用口服抗菌药,如大环内酯类及喹诺酮类抗菌药等。对于中、重症肺炎可采用静脉点滴,应用某种抗菌药至少要观察3-5天,无效后才考虑更换其它抗菌药物。

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